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SSR标记由于其多态性、共显性的特点，越来越多地用于基因标记、图谱构建、遗传多样性分析等方面。但与一般的基因组SSR相比，EST—SSR作为功能基因的一部分在功能基因鉴定和种间通用性上更有其优越性。目前EST—SSR更多地用于小麦、水稻、大麦、玉米、白菜等作物在种质资源多样性、品种鉴定、饱和遗传图谱等方面的研究，而在辣椒上，尤其是在胞质不育性方面的研究却鲜见报道。本文对辣椒EST—SSR标记的开发及其在分子辅助育种上的应用进行了回顾，并对其在辣椒胞质不育性方面的研究作出展望。