【摘 要】
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利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子
【基金项目】
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国家自然科学基金(31500276),四川省应用基础研究项目(2017JY0222),四川省重点研发项目(2018SZ0061),成都市科技技术研发项目(2016-HM01-00260-SF),国家级大学生创新创业训练计划资助项目(201910613082),西南交通大学个性化实验(GX201913086)
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利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现。ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱。GC和GC3s平均值分别为42.5%和48.0%,表明密码子组成偏向A与U碱基,且倾向于以A/U结尾。CAI的平均值为0.218,说明密码子的表达水平偏低。ENc-plot表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于R
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