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高技术产业是实现创新驱动发展的重要载体。为了更好地发挥政府在提升研发投入中的作用,本文探讨政府支持对高技术产业研发投入的影响及其行业差异,并且使用两阶段系统GMM方法,基于省级面板数据开展实证分析。研究发现:政府支持对高技术产业研发投入的影响存在行业差异,政府支持能够提升医药制造行业、医疗设备及仪器仪表制造业、电子及通信设备制造业的研发投入,但对航空航天器制造业和电子计算机及办公设备制造业研发投入的影响不显著。据此提出根据行业特征加强政府支持、基于实际绩效调整政府投入、面向研发需求优化支持方式的政策建议。