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目的
了解广州市手足口病的病原谱，对柯萨奇病毒A6 (coxsackievirus A6, CV-A6)型肠道病毒进行分子流行病学特征分析。
方法采用逆转录荧光定量PCR法对2017年5月至2019年12月各哨点医院及区疾病预防控制中心上送的手足口样本进行EV-A71、CV-A16、CV-A6及总肠道病毒检测。挑选CV-A6阳性代表样本进行病毒培养，对病毒培养阳性的样本进行VP1区扩增并测序，采用Mega5.0及SeqMen对测序序列进行分析。
结果共检测肠道病毒阳性标本7 578份，其中EV-A71 320份、CV-A16 1 481份、CV-A6 3 171份，其它肠道病毒2 606份。CV-A6引起的手足口病例以5岁以下儿童为主，男女发病比为1.56∶1，在每年的5～7月份及9～11月份有两个发病高峰。80份CV-A6阳性标本分离出病毒并完成VP1区基因测序。CV-A6毒株VP1区核苷酸同源性为93%～100%，氨基酸同源性为98%～100%；与CV-A6原型株Gdula VP1区核苷酸同源性为79%～81%，氨基酸同源性为95%～97%；与D3亚型代表株之间VP1区核苷酸同源性为92%～98%，氨基酸同源性为98%～100%。系统进化树显示所有CV-A6属于D3基因亚型，在系统进化树上呈多个分支分布。
结论CV-A6是引起广州市手足口病的主要肠道病毒，其基因型为D3亚型。密切监测CV-A6分子特征及手足口病病原谱变化可以为手足口病的预防控制提供科学依据。