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大肠杆菌的分泌蛋白定位于内膜、外膜、周质空间和胞外环境，它们在Ｎ端或Ｃ端带有一定的结构包含着分泌信号，这两类分泌蛋白在各自特定的一组蛋白因子的协助下跨越内膜，再通过目前尚不清楚的方式实现其最终定位，Ｎ端带有信号肽的分子在跨越内膜时得到Ｓｅｃ家族蛋白因子协助，信号肽在跨膜过程中可能被切除，该过程由ＡＴＰ和电化学势提供能量．Ｃ端带分泌信号的分子主要受到Ｈｌｙ家族分子协助，一次穿过内膜和外膜而不经过周质空间．