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设计合理的所有权配置合约是合作R＆D过程中的重要环节,促进合作R＆D效率是中国创新面临的关键问题之一.本研究通过构建基本的两阶段合作R＆D框架,运用实验研究方法,对所有权配置比例与合作双方两阶段投入的影响以及动态所有权配置方式在激励合作R＆D方面的优势进行了分析.结果表明,双方的投入与所有权分配的比例正相关;可转债合约下的动态权益分配方式对于双方的激励作用高于固定权益合约.并且在固定权益契约下,开发阶段双方的投入均与研究阶段双方的投入显著正相关;在可转债契约下,对方在研究阶段的投入对自身开发阶段投入的影响