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扎合金矿位于准噶尔板块萨吾尔晚古生代岛弧区的中南段,矿体赋存于海西晚期—印支早期侵入的中性闪长岩岩体及围岩接触部位.矿区内发育北西向和北东向两组断裂.北西向断裂既是成矿热液运移的通道,也是金元素富集成矿的场所,岩体为金矿提供了成矿物质和部分热液.根据矿体产出地质特征,扎合金矿属构造蚀变岩型金矿床;据成矿作用分析,该金矿属中低温热液金矿床.