【背景】高通量测序分析作为深入了解环境微生物群落组成的重要方法，已成为植物内生真菌多样性研究的有效手段，然而由于引物的扩增差异，采用不同引物可对实验结果分析造成影响。同时，盐角草作为世界上最耐盐的植物之一，存在着多种功能性的内生真菌，而较为全面介绍其内生真菌组成和多样性的报道鲜见。【目的】为了揭示盐角草内生真菌的多样性，解析不同扩增引物对内生菌多样性分析的影响。【方法】分别采用真菌高通量测序常用引物对ITS1-5F、ITS1-1F、ITS2对采自乌鲁木齐达坂城盐湖的盐角草内生真菌进行扩增，开展其内生真菌OTUs的分析。【结果】通过不同引物对扩增并测序共获得102个盐角草内生真菌OTUs，涉及真菌界8个门和未分类菌群，其中子囊菌门(Ascomycota)占绝对优势，其次为担子菌门(Basidiomycota)；在属层次上，盐角草内生真菌共涉及64个属及20个未分类属，其中Alternaria、Cladosporium、Podospora等3个属为盐角草内生真菌优势菌群。对不同引物对扩增测序结果分析表明，不同引物对扩增对分析内生真菌OTUs数量和种类具有明显的影响，在全部所得的102个OTUs中，ITS1-5F引物对获得44个OTUs、ITS1-1F引物对获得55个OTUs、ITS2引物对获得25个OTUs，但以上3对引物扩增均检测到的OTUs数仅为5个。物种组成和多样性分析表明，内生真菌多样性分析中采用以ITS1-1F为主，ITS1-5F为辅的分析策略，可较为全面的展现内生真菌的多样性。【结论】盐角草存在较为丰富的内生真菌资源，不同扩增引物对高通量分析盐角草内生真菌组成和分布具有明显的影响。