现代财政制度在国家治理体系转型中发挥着基础作用,现代财政制度的构建对财政审计提出了新的要求。我国财税体制还存在不足:预算管理制度不完善、财政支出效益不高、税收征管水平不高、转移支付制度不能有效解决政府间事权与支出责任划分不合理。财政审计虽然在我国财税体制完善过程中发挥了积极作用,但是仍然不能适应构建现代财政制度的要求。推动现代财政制度的构建,是财政审计发挥国家治理"免疫系统"功能的主要途径之一。首先,财政审计应该构建财政审计大格局,推动绩效预算制度的建立和完善;其次,加快税收征管审计发展,促进税务机关提高征管水平;再次,转移支付资金审计要聚焦资金使用效益,促进转移支付制度改革。财政审计要采取针对性的保障措施服务于财税体制改革,包括提升审计管理水平、加速推进审计信息化、吸引更多专业人才等。