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样子哨盆地基底为龙岗地块,盖层以晚元古代地层、古生代地层为主。基底构造变形以韧塑性变形和塑性纵弯柔流褶皱及固态流变剪切变形为主,发生片理、片麻理、褶皱及条带状构造。盖层经历多次挤压隆升和拉张断陷运动,屡次遭受海侵—海退,沉积了典型的地台型沉积建造。后经断块运动,改造或继承先期断裂,形成盆地—山岭式构造。