阿丁枫全基因组Survey分析

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阿丁枫(Altingia chinensis)是园林绿化观赏及药用树种,也是培养香菇的优良材料。该研究将已知基因组大小的玉米作为对照,采用流式细胞术估算阿丁枫基因组大小,然后利用高通量测序技术对阿丁枫基因组进行survey分析。研究结果如下:(1)通过流式测定阿丁枫基因组大小约为655.26±19.56Mb;(2)高通量测序获得原始数据33.34Gb,处理后得到约28.71Gb的Clean data,数据质量良好;(3)k-mer分析预估阿丁枫基因组为高杂合基因组,基因组大小为650.77Mb左右,杂合度为2.2%左右,GC含量为37.40%。分析阿丁枫基因组大小、杂合度、重复序列比例等基本信息,为制定阿丁枫的全基因组de novo测序策略提供有效依据。
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