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甘南州卫生学校始建于1979年。1989年,甘南藏族自治州人民政府和甘肃中医学院协商决定,在甘南州卫生学校联合开办藏医系,设置藏医学专业专科教育;2001年,藏医系由专科升格为本科并扩大为藏医学院,同年获得藏医学专业＂硕士学位＂授予权;2006年,学校被省教育厅评定为＂省级重点中等职业学校＂;2010年,学校被教育部评估认定为＂国家级重点中等职业学校＂;