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转基因技术应用于作物品种改良，要求外源基因稳定整合与表达，并且生物环境和自身遗传背景不被干扰。目前流行的植物转基因方法，需经历基因转移、组织培养再生植株和转基因植株的选择与繁殖等环节，每个环节都有可能产生不可预测的变异。有些变异与外源基因导入有关。Bregitzer等(1998)应用基因枪法获得转基因大麦，认为重要农艺性状抽穗期的延长是转化步骤引起了体细胞无性系变异。但有些变异与外源基因导入无关。