甘蓝型油菜SGR基因家族的全基因组鉴定与功能分析

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叶绿素是植物进行光合作用的一类绿色色素,对植物生长有着直接的影响。本研究利用生物信息学方法在全基因组水平上对甘蓝型油菜(Brassica napus)、白菜(Brassica rapa)、甘蓝(Brassica oleracea)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)中滞绿基因(STAY-GREEN, SGR)家族成员进行分析发现,28个SGR基因大多数包含4个外显子,编码碱性蛋白。染色体定位和共线性分析显示,甘蓝型油菜SGR基因家族成员中不存在串联复制,SGR基因家族成员之间具有线性关系,高度同源,且在进化过程中非常保守。此外,利用60K SNP对203份半冬性甘蓝型油菜自交系的叶绿素含量进行全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS),检测到2个单体型区域Chr. A01: 6,193,165~6,317,757 bp和Chr. C01: 9,059,861~9,906,618 bp携带的BnaSGR1a-A01和BnaSGR1-C01与叶绿素含量显著相关。同时,结合50份半冬性甘蓝型油菜重测序数据,对这2个单体型进行进区域关联分析,检测到1个SNP定位在BnaSGR1a-A01的外显子2区域,并与叶绿素含量显著关联。共表达网络分析结果验证了BnaSGR1a-A01与BnaSGR2-A03直接相连,与BnaSGR1-C01、BnaSGR1-A08、BnaSGR2-C03、BnaSGR1-C07、BnaSGRL-C06、BnaSGRL-A10等基因间接相连形成了一个网络体系,共同调节叶绿素含量。T2拟南芥转BnaSGR1a-A01基因超表达植株的叶绿素a、b和总的叶绿素含量相比野生型显著降低,表明BnaSGR1调控叶绿素降解。本研究为油菜SGR基因的功能研究和利用奠定了基础。
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