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对中国鲿科鱼类系统分类学研究中发现,凹尾拟鲿为一不同于细体拟鲿（P.pratti）的有效种,仅分布于长江上游。凹尾拟鲿胸刺前缘光滑无锯齿,颌须较短,后伸不超过胸鳍起点,本属中同时具有这两个特征的还包括18个有效种。在这18个物种中,乌苏里拟鲿（P.ussuriensis）、长脂拟鲿（P.adiposalis）、短尾拟鲿（P.brevicaudatus）和越南拟鲿（P.kyphus）与凹尾拟鲿一样,具有中等分叉的尾鳍。凹尾拟鲿与乌苏里拟鲿和长脂拟鲿的区别在于游离脊椎骨数目和背刺长短等性状上,与短尾拟鲿和越南