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以黄鳝基因组DNA为模板，采用正交试验设计方法，对各反应因子、引物退火温度和循环参数进行优化。建立了黄鳝的最适ISSR—PCR反应体系，25ul反应体系中含2．5mmol／L Mg^2＋，250umol／L dNTPs，0．25umol／L引物，1．0U Taq DNA聚合酶，30ng DNA模板。最佳反应程序：94℃预变性5min；94℃变性40s，48—57℃复性408（随引物而确定），72℃延伸1．5min，循环次数40；72℃延伸10min。利用所建立的ISSR反应体系，获得了清晰、重复性好、多态