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1. 低温定期移植保藏法。将需要保藏的菌种接种在适宜的斜面培养基上，适温培养，当菌丝健壮长满斜面时取出，放在3℃～5℃低温干燥处或4℃冰箱、冰柜中保藏，每隔4～6个月移植转管一次，具体应根据菌种特性决定。保藏时要注意环境温度不能太高，以防霉菌通过棉塞进入管内。因此，若用棉塞，可用干净的硫酸纸或牛皮纸包扎棉塞，可减少污染的机会，也可防止培养基干燥。除草菇菌种外，其他食用菌菌种都能采用此法保藏。
2. 滤纸片保藏法。取白色（收集深色孢子）或黑色（收集白色孢子）滤纸，剪成4cm×0.8cm的小纸条，平铺在培养皿中用纸包裹进行灭菌（1kg/cm2，30分钟）。采用钩悬法收集孢子，让孢子落在滤纸上。将载有孢子的滤纸条放入保藏试管中，再将保藏试管放入干燥器中1～2天，除去滤纸水分，使滤纸水分含量在2%左右，然后低温保藏。
3. 生理盐水保藏法。取纯氯化钠0.7g～0.9g，放入100ml蒸馏水中，搅拌均匀分装试管，每管5ml～10ml，进行灭菌（1kg/cm2，30分钟），经无菌检查合格后备用，将待保藏的菌种接入马铃薯葡萄糖液体培养基中适温振荡培养5～7天。无菌操作吸取少许培养菌种注入经检验合格的生理盐水试管中，塞上无菌橡皮塞，用石蜡涂封，在室温下保藏即可。
2. 滤纸片保藏法。取白色（收集深色孢子）或黑色（收集白色孢子）滤纸，剪成4cm×0.8cm的小纸条，平铺在培养皿中用纸包裹进行灭菌（1kg/cm2，30分钟）。采用钩悬法收集孢子，让孢子落在滤纸上。将载有孢子的滤纸条放入保藏试管中，再将保藏试管放入干燥器中1～2天，除去滤纸水分，使滤纸水分含量在2%左右，然后低温保藏。
3. 生理盐水保藏法。取纯氯化钠0.7g～0.9g，放入100ml蒸馏水中，搅拌均匀分装试管，每管5ml～10ml，进行灭菌（1kg/cm2，30分钟），经无菌检查合格后备用，将待保藏的菌种接入马铃薯葡萄糖液体培养基中适温振荡培养5～7天。无菌操作吸取少许培养菌种注入经检验合格的生理盐水试管中，塞上无菌橡皮塞，用石蜡涂封，在室温下保藏即可。