【摘 要】
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目的 评价基于成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)1上游侧翼序列鉴定沙门菌的效果.方法 在NCBI里通过已知的
【机 构】
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新乡医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室,河南新乡453003;河南科技大学医院;郑州大学公共卫生学院流行病与卫生统计学系
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目的 评价基于成簇规律间隔的短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)1上游侧翼序列鉴定沙门菌的效果.方法 在NCBI里通过已知的重复序列BLAST识别并获得全基因组测序沙门菌的CRISPRs和CRISPR相关基因(CRISPR-associated,cas)信息;选择并提取确定CRISPRs的上、下游各500 bp的侧翼序列,使用Clustal X软件比对侧翼序列;采用PCR方法扩增沙门菌的CRISPRs序列和CRISPR1上游特异侧翼序列,与金标准API方法鉴定的菌株比较,评价CRISPR1上游特异侧翼序列检测对鉴定沙门菌的效果.结果 329株全基因测序和38株实验室保存的沙门菌均存在I-E CRISPR/Cas,除猪霍乱沙门菌C500外,其余所有菌株均存在CRISPR1和2两个位点.在沙门菌的CRISPR1上游侧翼序列存在61 bp的特异序列,一致性为99％,且具有种属特异性,通过PCR扩增此序列鉴定沙门菌的灵敏度为97.4％,特异度为99.1％.结论 基于CRISPR1上游侧翼序列鉴定沙门菌的方法灵敏特异,效果良好.
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