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介绍了近几年基于知识的蛋白三维结构预测方法及其进展，目前，基于知识的结构预测方法主要有两类，一类是同源蛋白模建，这种技术比较成熟，模建的结果可靠性比较高，但只适用于同源性比较高的目标序列的模建；另一类方法即蛋白质逆折叠技术，主要包括３Ｄｐｒｏｆｉｌｅ方法和基于势函数的方法，给出是目标蛋白质的空间走向，它主要可用于序列同源性比较低的蛋白质的结构了预测。