生长素反应因子(auxin response factors,AR)是一类重要的调控植物生长发育的转录因子,参与生长素响应基因的表达和生长素信号转导途径等多种发育过程.本研究采用比较基因组学方法对大豆、百脉根、蒺藜苜蓿的生长素反应因子(ARF)家族的理化性质、系统发育关系、结构特性、多倍化与基因家族的关联性,以及重复基因进行分析.3个物种中共鉴定出129个ARF家族基因,理化性质差异较大;系统发育分析显示全部基因被分为4个亚族,亲缘关系较近的基因表现出相似的结构和基序组成,选择压力分析发现有26个位点受到正选择;另外,大豆基因组内ARF同源基因对的数量大于其它物种,表明全基因组加倍导致产生大量的重复基因,百脉根ARF同源基因对数量少于蒺藜苜蓿,证明了加倍事件伴随着重复基因的差异性丢失.这些结果将为豆科或其它物种ARF基因的深入研究提供一定的参考依据.