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对１２个优良玉米自效系的ＤＮＡ进行了ＲＡＰＤ分析，共筛选了２５０个Ｏｐｅｒｏｎ引物，其中１２个引物共扩增出５９个多态性产物，根据这５９个多态性ＲＡＰＤ产物，对１２个自交系进行了聚类分析，把它们分为３个群，结果与根据系谱法的聚类结果一致。经过优选，用ＯＰＮ－１１扩增出的１１种ＤＮＡ带，建立了这１２个自交系的ＲＡＰＤ－ＤＮＡ指纹图谱。在该图谱呼弱个自交系都具有特异的ＤＮＡ指纹，可以与其它自效纱相区别。