药用植物内生菌的研究主要依赖传统培养分离的方法,因其具有促生长、提高抗逆性、促进药用活性成分积累或直接产生药用活性成分等功能,逐渐受到广泛关注.然而,通过比较传统培养分离和高通量测序的研究结果发现,用传统方法分离的菌株并不是药用植物真实的优势内生菌.传统培养分离方法具有一定的盲目性和随机性导致在培养基的选择、培养时间、物种之间相互作用等方面缺乏标准.相反,高通量测序技术是近十几年来发展起来的新兴分子生物学技术,因其分辨水平高、不需要培养等特点,可以对环境微生物的群落结构和多样性进行深入分析.因此,该文提出用高通量测序技术指导传统培养分离药用植物内生菌的策略.首先,借助高通量测序技术对药用植物内生菌结构和多样性进行整体了解,确定宿主的优势内生菌;然后根据各优势内生菌的特性设计或查询适合其生长的培养基进行培养分离;最后对分离菌株进行功能研究.高通量测序指导传统培养分离药用植物内生菌可以避免研究者漏筛对宿主重要的功能菌株,扩大药用植物内生菌的研究范围,有利于药用植物内生菌的深入挖掘和利用.