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【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphism,SNP）标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签（Expressed sequence tag,EST）数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群（Contig）,再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig