TIAM1基因与大肠癌上皮间质转化的相关性及其相关miRNA的生物信息学分析

来源 :重庆医科大学学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ynkm8899
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目的:对TIAM1基因进行生物信息学分析,探讨TIAM1基因在大肠癌细胞中的生物学功能及其在细胞信号网络中的作用。方法:通过miRNA预测工具预测与TIAM1相互作用的miRNA,通过TIAM1基因敲除的大肠癌细胞株SW480表达谱数据分析与TIAM1基因缺失相关的miRNA。综合2种分析,挑选出最可能与TIAM1相关的miRNA。预测此miRNA的靶基因,并对靶基因进行通路富集,富集结果与TIAM1相互作用蛋白通路富集结果进行比较。将TIAM1缺失的SW480表达谱数据比野生型SW480表达谱数据中对数比大于1的基因集进行通路富集。对TIAM1相互作用蛋白网络中的蛋白进行通路富集。对TIAM1间接作用于上皮间质转化(epithelial mesenchymal transition,EMT)标志物E-cadherin和Vimentin的中间传递蛋白进行通路富集。结果:直接预测与间接预测均表明miRNA hsa-mir-340最可能与TIAM1相互作用,通过通路富集结果的比较也发现hsa-mir-340功能上与TIAM1协同。对TIAM1缺失的SW480表达谱数据分析发现,TIAM1缺失后P53信号通路、DNA损伤的应答反应、Toll样受体信号通路等表达上调,表明TIAM1缺失可能与抑瘤作用增强相关。对TIAM1相互作用蛋白的通路富集可以发现TIAM1相互作用蛋白参与了细胞黏附、细胞骨架重构、细胞增殖与生长等信号通路,与肿瘤的发生发展密切相关。对TIAM1与EMT标志物E-cadherin和Vimentin的中间传递蛋白分析发现其主要由转化生长因子-β(transforming growth factor-β,TGF-β)受体、雄激素受体、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)、丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)等信号通路的成员构成。说明这些信号通路可能与TIAM1促进大肠癌EMT的发生相关。结论:预测hsa-mir-340能够调控TIAM1的表达,TIAM1的缺失可能导致抑瘤作用增强,TIAM1相互作用蛋白与肿瘤的转移密切相关。TIAM1可能通过TGF-β受体、雄激素受体、NF-κB、MAPK等信号通路影响EMT标志物E-cadherin和Vimentin的功能,进而促进大肠癌EMT的发生和转移。
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