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海南山栏稻体细胞染色体数与普通栽培水稻相同，即２ｎ＝２４，并同属２Ｂ核型。山栏稻染色体组中有９对中部着丝点染色体（水稻对照品种为５－６对），１－２对亚中部着丝点染色体（水稻为４－５对），１－２对亚端部着丝点染色体。这表明山栏稻核型比水稻更为对称。山栏稻染色体组的异染色质含量平均为４６．１％，低于水稻对照（平均为５０．１％）。异染色质在染色体上的分布形式与水稻对照基本相同，多数是位于着丝点两侧（或两