植物在生长过程中需要通过根系不断从土壤中吸收水分和矿质养分。对于根系不发达甚至缺少根毛的植物如大葱、韭菜等，要如何吸收这些养分和水分呢？原来，在土壤中有一类特殊的微生物——菌根真菌，能够和植物根系形成菌根共生体系，从而帮助植物吸收矿质养分和水分，增强植物对各种环境胁迫的适应能力。事实上，菌根是自然界中普遍存在的生物共生现象，绝大多数陆地植物都能形成菌根，不能形成菌根的植物（如十字花科的油菜、甘蓝等）只是稀有的少数派。有些植物，比如兰科和葱属植物，对菌根共生体具有高度依赖性。
　　病原菌
　　植物在生长过程中时常会受到各种病原菌的侵害。菌根真菌与植物病原菌都需要从植物中获取光合产物，依赖于植物完成生命周期，因此二者具有类似的生态位。很多研究表明，菌根真菌能够通过竞争侵染位点、资源竞争、诱导植物系统抗病性等途径抑制病原菌的侵染和繁殖，减轻植物病害的发生和危害程度。
　　菌根共生体的生态重要性
　　由于菌根真菌没有严格的宿主专一性，其在不同植物根系之间能够形成菌丝连接，乃至建成发达的地下菌丝网络，因此生态系统中的不同植物可以通过地下茵丝网络相互联系，传递和分配营养物质，甚至传导响应环境变化的信号物质。在一定程度上，菌丝网络可以影响到植物种间竞争、群落演替以及生态系统稳定性。
　　众所周知，植物除了通過地上部分的不同生长策略实现空间竞争之外，根系对养分资源的竞争也是植物之间竞争的重要方面。菌根通过影响植物养分吸收，进而改变对菌根依赖性不同的植物之间的竞争关系，调节植物群落的组成和外来物种的竞争能力。在退化生态环境治理方面，如矿区生态恢复、污染土壤治理等，应用菌根技术可以加快植被恢复与土壤修复进程。在资源和环境问题日益严峻的背景下，菌根技术作为一条有效可行的生物学途径，能够发掘生物的自身潜力，提高植物对自然资源的利用效率，从而降低能耗，减轻环境所承受的压力，因而应用前景非常广阔。