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财政科技资金是指政府为科技事业发展等事项安排的政府财政资金，从内容上看，分为基本支出和项目支出。财政科技资金绩效审计的对象主要是项目支出，即用于科研单位、企业或其他组织为完成特定的科技事业发展目标或特定的科研项目研发任务以及将科研成果完成市场转化的财政资金专项支出。审计的目的是对资金的使用效益和效率做出评估并提出审计建议。本文根据实际审计工作中的经验，对财政科技资金绩效审计的难点进行梳理和归纳，并对审计方法做出初步探讨。