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南京中医药大学中医儿科学学科成立于1954年，70年代在国内首批招收中医儿科学硕士研究生。1986年被国务院学位委员会批准为博士学位授予点，是南京中医药大学中医学博士后流动站学科点之一。学科于1988年被确定为江苏省教委重点学科，1995年、2003年2次被评为江苏省一类优秀课程，2002年被确定为教育部国家级重点学科和国家中医药管理局重点学科建设单位。