目的从野生型驯化为栽培品种角度分析地黄Rehmannia glutinosa的遗传多样性,探讨河南焦作地区怀地黄的栽培起源。方法对地黄野生自然居群,栽培品种及其近缘物种ITS、psb A-trn H和trn S-trn G序列进行扩增和测序,分析比较中药材地黄野生自然居群,栽培品种间各序列的单倍型类型和核苷酸多态性,构建Neighbor-Joining(NJ)分子系统发育树。结果单倍型分析结果显示,地黄野生居群单倍型类型数量(ITS 6个,psb A-trn H 8个,trn S-trn G 9个)明显高于怀地黄栽培品种单倍型类型数量(ITS 3个,psb A-trn H 2个,trn S-trn G 3个)。地黄野生居群的单倍型多样性和核苷酸多样性均远高于怀地黄栽培品种间,在3个基因联合系统树上,地黄野生居群和栽培品种所有样品与茄叶地黄聚在一支,支持率为90%;23个栽培品种(29个样本)与来自温县的10号地黄野生居群聚为一支,支持率为78%。结论地黄野生型驯化为栽培品种过程发生了明显的遗传瓶颈,导致现存怀地黄栽培品种遗传基础狭窄,遗传多样性降低。怀地黄栽培品种可能起源于河南温县区域的地黄野生群体。