康熙三十五年（1696），哈密维吾尔首领额贝都拉摆脱准噶尔统治归顺清廷，翌年又因生擒准噶尔头目噶尔丹之子被封为“哈密回部札萨克一等达尔汗”（世袭亲王），哈密按八旗编制定为镶红回旗。康熙三十七年（1698），额贝都拉进京朝拜，康熙赏赐蟒袍、貂帽、金带等物。第二年返回时，特从北京请汉族工匠设计回王府。康熙四十年（1706），回城和王府正式落成。
　　
　　经过几代回王的修缮加工，到七世回王博锡尔时代（道光年间），回王府已成为一所宅院相连、宏伟美丽的园林建筑群。
　　光绪八年（1882），沙莫胡索特袭任哈密王位后，对回王府进行了扩建和翻新。扩建后的回王府占地数百亩，有房800间，共有大小门楼九道，喜庆之日，九道门楼彩旗高悬，煞是壮观。
　　1930年，回王府毁于战火。
　　哈密回王共传九世，经时233年，历代回王一直忠于清政府，反对民族分裂，被清廷回爵府王誉为“回疆八部之首”。
　　首世额贝都拉审时度势，反对噶尔丹叛乱，始终坚定不移地站在维护祖国统一的一边。
　　三世额敏亲率200铁骑，配合清政府军队，以少胜多，击败了噶尔丹长兄之子策妄阿拉布丹对哈密的进犯。康熙五十五年（1716），额敏又带头响应政府屯田号召，带领人户400名在哈密沁城屯田，收获青稞608石，完全交公充作军粮，被后世称为“民屯第一犁”。
　　四世玉素卜，在镇压大小和卓叛乱时，被任为领队大臣，率王府官员100名随军出征，勇敢冲杀，立下赫赫战绩，被恩赏郡王品级。玉素卜还完成了一项重要任务——喀什至京城万里送香妃。
　　七世博锡尔在位长达54年，他经历了张格尔、阿古柏之乱和妥明的清真国之乱，始终与分裂叛乱分子作斗争，最后被俘，壮烈牺牲。战乱平息后，由清政府拨款白银2万两为博锡尔修建陵墓，追封他和硕亲王衔。
　　
　　九世回王沙莫胡素特，在位48年，除了在经济上有所作为外，他最大的贡献是成立了伊州书院，使维吾尔青少年开始系统地接受儒家文化，同时设维文、满文课，书院毕业的学生大部分被清政府选派往南疆当地方官。伊州书院是全疆五大书院之一，沙莫胡索特在新疆的教育史上，留下了不可磨灭的功绩。
　　哈密回王府在历史上的作用和功绩，是功垂千秋的。2003年，政府投资1 000万元，重修回王府，占地200亩，完全按原貌建造，保持了古建筑的原有风格。回王府是民族大团结、大融合的一个象征，又是多元文化的延续和印证，具有深远的历史意义和现实意义。