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生态补偿已被纳入到环境保护的基本国策中。流域生态环境质量属于“公共物品”，涉及到流域流经不同行政区域的政府间协调，关系着不同流域地区环境权益的享有和义务的履行。建立以纵向转移支付为主、横向转移支付为辅的生态补偿转移支付模式，须科学分配流域不同地区财权与事权，制定科学的流域生态补偿转移支付标准、建立中央政府牵头的央地互相配合的管理和监督机构。