以系统论思想为指引,遵循要素-结构-功能的分析范式,从科技创新治理能力发展的水平结构和外部性结构两个方面入手,就科技创新治理能力对科技创新治理绩效的作用机理进行逻辑推演。结合中国科技创新治理体系治理能力发展现状,对治理绩效低下的形成机理进行系统探讨,结果表明:科技创新治理能力的强度结构是决定科技创新治理绩效的关键,而科技创新治理体系整体治理能力水平偏低、内部结构失衡是导致现行科技创新治理绩效低下的根源。与此同时,科技创新治理能力外溢效应在不同方向上的非对称性加剧了科技创新治理能力的结构性失衡,阻碍了科技创新治理能力的整体性提升,抑制了科技创新治理绩效有效增长。因此,应加快转变治理理念,逐步构建以“创新链”为核心的现代科技创新治理模式;增强微观治理能力,构建开放包容的科技创新管理服务体系;提升中观治理能力,实行科技创新管理机构垂直管理;优化治理环境,将知识产权法律制度环境和科技交易市场环境营造纳入科技创新管理服务体系,逐步构建与现代科技创新治理理念相匹配的科技创新管理部门地方政府官员政绩考评体系。