目的探讨手足口病患儿的肠道病毒核酸转阴时间,寻找手足口病的传播规律。方法收集临床确诊手足口病患儿,采集患儿的咽拭子、唾液及粪便样本,采用荧光定量PCR技术筛选出肠道病毒71(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)核酸阳性的58例患儿,随后根据病毒类型及疾病严重程度,将研究对象分为EV71轻症组、EV71重症组、Cox A16轻症组、Cox A16重症组,分析4组患儿3种样本的肠道病毒核酸转阴情况。结果 58例手足患儿中,EV71阳性38例(66%),Cox A16阳性20例(34%)。EV71阳性者中,轻症20例、重症18例;Cox A16阳性者中,轻症11例、重症9例。EV71患儿的粪便样本最长排毒时间为63 d,Cox A16患儿的粪便样本最长排毒时间为42 d。EV71及Cox A16重症组患儿的粪便样本在起病后的肠道病毒核酸转阴时间均长于同组的咽拭子和唾液样本(P均<0.05)。EV71及Cox A16轻症组的粪便、咽拭子、唾液样本肠道病毒核酸转阴时间均短于重症组对应的样本(P均<0.05)。结论手足口病患儿排毒时间与疾病严重程度相关,病情越严重其排毒时间越长。疾病早期应采集3类样本同时进行检测,疾病后期应重点对粪便样本进行检测。