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在新时期"军民结合,寓军于民"战略思想指导下,科学评价军民结合自主创新能力是进一步培育与提升军民结合自主创新能力的前提,也是有关政策制定的重要依据。在阐明军民结合自主创新内涵的基础上,分析了军民结合自主创新能力的特点及表现,建立了军民结合自主创新能力评价指标体系,运用二次相对评价模型评价军民结合自主创新能力并进行实证分析。