真菌群落的组成和多样性对维持亚高山湖泊生态系统平衡具有重要影响。本文以包括琵琶海(PPH)(0、2和4m)、马营海(MYH)(0、2、4和6m)和公海(GH)(0、2、4、6和8m)在内的亚高山湖群中不同深度的水生真菌群落为研究对象,通过高通量测序的方法探究真菌群落的分布格局和多样性维持机制(确定性过程VS随机过程)。结果表明,不同湖泊水质差异明显,GH中pH、电导率、氨态氮、总碳和无机碳含量均显著高于其他两者。真菌群落主要由子囊菌门(Ascomycota)(0.82%～21.05%)、担子菌门(Basidiomycota)(1.26%～11.79%)、壶菌门(Chytridiomycota)(0.42%～4.26%)和隐真菌门(Rozellomycota)(0.11%～0.33%)等组成。囊担子菌纲(Cystobasidiomycetes)、座囊菌纲(Dothideomycetes)、壶菌纲(Chytridiomycetes)和粪壳菌纲(Sordariomycetes)为所有湖泊共有。不同湖泊真菌群落的α-多样性和优势类群差异显著(P<0.05),而在每个湖内不同深度之间没有显著的差异。相似性分析结果表明,不同湖之间真菌群落的β-多样性明显不同(r=0.99, P<0.01),同时MYH(r=0.98,P<0.01)和GH(r=0.25,P<0.05)不同深度真菌群落的β-多样性也差异明显,但是PPH(r=0.23,P>0.05)不同深度真菌群落的β-多样性没有显著的差异。冗余分析和方差分解分析结果表明在小区域范围内(3个湖之间)以及局域范围内(MYH不同深度)真菌群落的β-多样性格局是环境选择和扩散限制共同影响的结果,但是环境选择的相对作用更强,其中水体pH、溶解氧、TC和电导率是主要的影响因子。零模型分析结果表明种间相互作用驱动了GH中真菌群落β-多样性格局的维持。总之,亚高山湖群中真菌群落的β-多样性格局主要是由确定性过程驱动的。