猪X-linked miRNA的表达模式的研究

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MicroRNAs(miRNA)是在真核生物中发现的一类内源性的具有调控功能的非编码小RNA,其大小长约20~25个核苷酸,不编码任何蛋白质。miRNA能够识别特定的靶mRNA,通过使mRNA降解或与mRNA结合来抑制蛋白质的合成,达到调控基因表达的目的。本实验采用荧光定量PCR技术(Eva Green法)检测了32个X-linked miRNA在7月龄荣昌猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、睾丸和卵巢组织中的表达差异。为了更好的解释这些miRNA在X染色体和1到18的常染色体上的密度,计算了猪567个性别表达相关的pre-miRNA的637个基因组的位置,然后将52个X-linked pre-miRNA按基因组位点距离分类,两两之间距离小于50kb就作为一个簇,最后分析了X-linked miRNA在基因组上的距离与相对表达量之间的相关性。结果显示:(1)X-linked miRNA特异性的在脾脏、睾丸、卵巢和肾脏中高表达,(2)通过对miRNA在染色体上的密度分析,发现X染色体编码的pre-miRNA是常染色体编码的1.69倍,对于X染色体来说,每Mb的染色体编码了0.49个pre-miRNA,而其它的18个常染色体每Mb只编码了0.29个pre-miRNA。(3)两个pre-miRNA之间距离小于50kb就作为一个簇,这样在X染色体上面就有9个簇。(4)32个X-linked miRNA中,miRNA之间的距离最小是40nt(mir-450a到mir-450c),最大是81Mb (PN(a)-80到mir-221)。通过研究发现,X-linked miRNA之间距离小于50Kb具有更高的相同模式的表达性。距离在50Kb的位置,相关系数最高等于1。而距离大于50Kb, X-linked miRNA之间的遗传距离和表达量之间的相关性急剧下降。本研究的结果可为探索X-linked miRNA的组织间表达模式提供一种途径。
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