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本文对采自广西分布区内全州县安和乡、乐业县雅长乡、资源县两水乡、环江县明伦镇、融水县安太乡和老堡乡共6个自然种群样本和广西咸水林场和高峰林场的种源试验林中保存的9个种源(湖南步城、安徽休宁、江西庐山、湖北利川、福建武夷山、广西全州、贵州黎平、云南金平、浙江安吉)的样本通过ISSR分子标记技术进行遗传多样性研究,得到以下结论：(1)比较两种马褂木DNA提取方法,CTAB法与植物基因组试剂盒提取法,用植物试剂盒提取的DNA从质量、纯度、琼脂糖凝胶凝胶电泳结果、稳定性等方面都优于CTAB法。(2)确定最终马褂木ISSR-PCR扩增体系,最终ISSR-PCR扩增体系：总体积20μL中含有10×buffer为2.0μL、MgCl2浓度为1.8mmol/L、dNTPs终浓度为0.2mmol/L、引物终浓度为0.5μmol/L、Taq DNA聚合酶1U、DNA模板60ng。最终的PCR扩增程序：94℃预变性5min,94℃变性1min, N℃退火45s,72℃延伸2min,45个循环,72℃完全延伸7min,4℃保存。(3)引物筛选：可以扩增出较为清晰的引物为UBC-807、UBC-809、 UBC-816、UBC-817、UBC-818、UBC-825、UBC-826、UBC-829、UBC-839、 UBC-847、UBC-849、UBC-850、UBC-851、UBC-854、UBC-878、UBC-880、UBC-881、UBC-887、UBC-889、UBC-890、UBC-891、本实验的PCR扩增从上述引物中选出10条最清晰的多态性高的引物分别为UBC-807、 UBC-818、UBC-825、UBC-826、UBC-829、UBC-847、UBC-881、UBC-889、 UBC-890、UBC-891、(4)全州县安和乡、乐业县雅长乡、资源县两水乡、环江县明伦镇、融水县安太乡和老堡乡共6个自然种群的遗传多样性分析结果：共扩增出125个清晰的位点,其中有多态性的为122个,多态性百分率为97.60%；其中融水安太乡的遗传多样性水平最高；6个自然群体间总的遗传变异中有29.10%来自种群间,而种内遗传变异70.90%,根据UPGMA聚类分析,马褂木自然群体主要分为两类,一类是环江和融水安太乡、雅长,另一类是全州和融水老堡乡、资源。(5)种源试验林中保存的湖南步城、安徽休宁、江西庐山、湖北利川、福建武夷山、广西全州、贵州黎平、云南金平、浙江安吉9个种源样本的遗传多样性分析结果：共扩增出126个清晰的位点,其中有多态性的为123个,多态性百分率为97.62%；其中湖北利川的遗传多样性水平最高；9个种源群体间总的遗传变异中有25.37%来自种群间,而种内遗传变异74.63%,根据UPGMA聚类分析,北部地区与南部地区可分为两大类,南部地区又可大致细分为西部地区,中部地区和中东部地区。(6)根据广西分布区自然群体和种源试验保存的种源样本的多样性分析,提出了中国马褂木种质资源保存的策略和措施。