村民自治是中国在广大农村地区进行的一场伟大的民主实践，是现阶段中国农村实现有效治理的方式之一。自1987年全国人民代表大会常务委员会通过《中华人民共和国村民委员会组织法（试行）》以来，村民自治在全国推行，并取得了突出的成效。2010年，《村组法》经重新修订，进一步规范和保障了村民自治的实行。在取得显著成绩的同时，村民自治在制度操作和现实运行层面都难以避免地遇到了诸多问题，需要通过制度创新和组织创新来解决当前遇到的困难。而倡导农民合作，就是在村民自治的背景下解决农村发展困境的一个重要的路径选择。一方面，农民合作影响村民自治的成效，另一方面，村民自治的实行也离不开农民的合作。因此，在当前村民自治的背景下需要加强农民的合作能力建设。然而在现实运行中，农民合作存在困境。解决农民合作困境难题是完善村民自治的重要途径。基于此，对农民合作进行研究就显得十分必要。　　笔者采用实地研究的研究方式，对H县D村进行了调查研究，以参与观察和非结构访谈的方式收集资料，并通过对这些资料的定性分析来理解和解释研究对象。本文将农民合作置于村民自治的背景下，结合对村庄案例的实证研究探讨促进农民合作的途径和机制，旨在通过这一探讨来充实现有的研究成果。本文梳理了村民自治和农民合作的基本理论及两者之间的关系。村民自治基本理论是本文研究的基础，包括村民自治的内涵、内容及组织形式。农民合作理论包括农民合作的必要性、内涵及条件。同时，对村民自治和农民合作的关系进行了阐述。此外还探讨了农民合作的困境。结合案例，从组织形态、文化根源、现实根源着手，分析了农民合作的困境及导致困境的基本原因。其中，基层组织管理职能弱化使农民合作失去组织基础，小农意识的消极影响是农民合作缺失的文化根源，村民缺乏村庄共同体意识使得农民合作缺乏合作意识，精英流失和权威缺失使农民合作中缺少权威人物的组织和领导。文章最后试图针对农民合作存在的困境提出相应的解决措施。