论文部分内容阅读
放线菌是自然界分布最广泛的微生物类群之一,其丰富的物种多样性、复杂的形态分化和特异的代谢途径,成为人们关注的对象。DNA-DNA杂交是分析DNA同源性的一种有效手段,是在16S rRNA基因序列相似较高的情况下确定新种的必须步骤。本研究选用标准菌株Isoptericola chiayiensis06182M-1T和Isoptericola halotolerans YIM70177T对DNA-DNA微孔板杂交法进行优化。分别对基因组DNA提取方法、超声剪切条件、固定DNA的微孔板干燥时间以及用于标记DNA的光敏生物素浓度进行改进。确定最佳的实验条件是：利用SDS-CTAB法提取放线菌基因组DNA；超声剪切DNA的条件为振幅45μm,脉宽2s,持续1min；固定DNA的微孔板干燥时间为15min；0.5mg/mL光敏生物素标记500μg/mL的DNA。确定该方法的稳定性后,分别对菌株HA1021、HA11015、HA11090、HA11097、HA11110、HA11164和HA11166与其参考模式菌的DNA同源性进行了分析。按照多相分类原则,从培养特征、生理生化特征、化学特征和分子特征对菌株HA11090和HA11110进行了鉴定：菌株HA11090为革兰氏阳性菌,好氧,生长温度范围14-43℃,pH范围6-10,耐盐度1%-5%。淀粉酶活性测试为阳性,能使牛奶凝固与胨化,产黑色素但不产生H2S；在纤维素上不生长,不能使明胶液化,不能使硝酸盐还原。主要脂肪酸为iso-C16:0、iso-C17:0和C15：0；主要的磷酸类脂为DPG、PE、PG、PI和GL。DNA(G+C)mol%为74.5%;16S rRNA基因序列与标准菌株Saccharopolyspora jiangxiensis W12T和Saccharopolyspora hirsuta subsp. Kobensis CGMCC4.1319T的同源性均为99.3%,其DNA-DNA杂交结果分别为82.0%、33.5%。鉴定菌株HA11090为江西糖多孢菌(Saccharopolyspora jiangxiensis)。菌株HA11110为革兰氏阳性菌,好氧,生长温度范围28-43℃,pH范围6-9,耐盐度1%-5%。淀粉酶活性测试为阳性,硝酸还原阳性,在纤维素上生长；不产生黑色素和H2S,不能使明胶液化,不能使牛奶凝固与胨化。主要脂肪酸为iso-C16:0、anteiso-C15:0和C14：0；主要的磷酸类脂为DPG、PE、PG、PIM、PC和PI。DNA(G+C)mol%为76.0%,16S rRNA基因序列与标准菌株Streptomycessanyensis GIMN4.003T显示最高同源性99.1%,其次是Streptomyces nanhaiensis SCSIO01248T和Streptomyces radiopugnans R97T,同源性均为98.8%,DNA-DNA杂交结果分别为58.4%、49.7%和47.2%。确定菌株HA11110是链霉菌属(Streptomyces)的一个新种,命名为Streptomyces mangrovei sp.nov.。