狗尾草属和稻属MULEs结构与进化关系分析

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Mutator转座子是由依阿华州立大学的Robertson教授1981年发现的,它具有转座活性高,诱变能力强等特点,是玉米功能基因研究的重要标记转座子。在其他植物中,Mutator的同类转座子存在不同程度的变异,称为Mu同源因子或Mu类似因子(Mu-likesorMu analogs,MULEs)。虽然MULEs广泛存在于其它植物中,但是只在拟南芥的DDM1突变体和真菌的Fusarium oxysporum中发现了转座活跃的Mu同源因子。因此,对玉米(Z.maysL.)以外其它物种Mu转座子的存在状态、变异程度以及如何使之变为转座活跃,对于认识转座子的起源与进化历史,在基因组进化和基因表达调控中的作用,并利用转座子进行基因标记和基因克隆有重要意义。本文利用稻属(Oryza)中Os493两端的TIR设计引物,在狗尾草属(Setaria)的12个种的22份材料中克隆MULEs全长,均得到3.6kb左右的片段,经过测序分析,它们均是狗尾草属中的MULEs。结构分析表明所克隆的MULEs均具有末端反向重复序列(TIR),在Mu转座子的TIR区发现了MURA转座酶结合位点(MBS);在功能区域发现了与转座子转座活性相关的D-D-E结构和25个氨基酸的信号序列D-x(3)-G-[LIVMF]一x(6)-[STAV]-[LIVMFYW]-[PT]-x-[STAV]-x(2)-[QR]-x-C-x(2)-H等结构,在狗尾草属MULE转座子C末端发现了植物Mu转座子转座酶的锌指结构-Znf-pmz,DNA结合域CX2CX4HX4(或6)C(X代表任意氨基酸),但是它们均存在不同程度的变异,说明现在已不具有转座活性。利用引物sxd1和sxd2在稻属和狗尾草属材料中进行PCR扩增,所扩增的这一段是Mutator转座酶最保守的一段,对克隆的部分序列进行Blastx比对,发现它们同MURA蛋白的同源性达到了53%-56%。稻属和狗尾草属中存在大量600bp且相似性很高的MULEs转座子,但它们中间有些序列出现了终止密码子、移码突变等,说明这些MULEs目前不具有转座活性。对这些序列构建进化树,从进化树我们可以看出,这些序列共分成三个大组,其中在ClassⅠ和ClassⅡ中的序列都是稻属的序列,而在CtassⅢ中稻属和狗尾草属序列均有,并且稻属仅有8个种来源的序列同全部狗尾草属来源的序列聚在一起。MULEs的ClassⅢ在狗尾草属中普遍存在,而在稻属的材料中却仅局限于8个种,他们分别分布在AA、BB、BBCC、CCDD、GG等基因组中,在稻属AA、BB、CCDD、EE、FF、HHJJ基因组的O.longistaminata、O.nivara、O.punctata、O.latifolia、O.grandiglumis、O.australiensis、O.brachyantha、O.ridleyi等种中则没有,这说明该转座子在稻属的分布是不连续的,这种Mu转座子分布的不连续性暗示着可能存在着基因的水平转移。稻属和狗尾草属不同的品种中存在大量的这种相似序列,表明很可能它们之间发生了大规模的MULEs转座子水平转移,通过选择压力分析法分析也表明狗尾草和稻属之间存在大量的基因水平转移是可能的。
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