随着军民融合向更高层次、更广范围和更深程度的融合，军民融合背景下区域创新体系的构建，既关乎当前军民深度融合在区域层面的试验，亦是区域创新发展的再次挑战。而长久以来，军民融合中的体制机制障碍，一直被视为深化改革的重点和难点。正如习近平主席所指出的那样，“积极推进国防科技工业体制改革，瞄准各方反映强烈的矛盾和问题，坚决拆壁垒、破坚冰、去门槛，破除制度藩篱和利益羁绊”是军民融合最为核心的命题之一。因此，在该研究背景之下，本文一方面指出由于军方加入引入了大量不同的制度安排和惯习使得军民融合背景下的区域创新系统更加复杂。另一方面为解决区域军民深度融合体制机制的难点与问题，本文以制度为桥梁，指出了制度不是铁板一块，要进一步理解当前军民融合过程中的种种体制机制障碍需要打开体制机制的“黑箱”。因此，在采用了田野调查、深度访谈和个案研究等质性方法基础之上，本文选取了区域案例成德绵国家军民融合示范区，从组织制度主义理论视角出发分析了区域军民融合创新体系内的体制困境，指出军民融合体制困境的背后正是由于军民融合创新体系内不同创新主体在原有制度环境下其不同的制度逻辑之间产生了冲突所造成，不同制度逻辑之间的冲突主要来自市场逻辑和计划逻辑、科研逻辑和创业逻辑以及“锦标赛”逻辑和合作逻辑，使得军民融合背景下的区域创新系统内不同创新主体之间的合作无法深入下去。同时，通过调研本文也发现，军民融合背景下的区域创新系统内存在着解决体制困境的融合路径，即以市场逻辑为基础、不同制度逻辑共存以及求同存异机制。基于此，本文在结论中指出了现有军民融合体制机制的不足并提出了军民深度融合的可能性，并在最后提出了完善区域军民融合体制机制的政策建议，以期指导未来军民深度融合的发展。