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目的：对内蒙古鼠疫菌进行差异区段（DFR）、间区规律短回文重复（CRISPR）及多位点可变数目串联重复序列分析（MLVA）三种分子分型研究。建立内蒙古鼠疫菌分子遗传特征数据库，分析内蒙古鼠疫菌的流行规律，开展近年来内蒙古鼠疫溯源研究。 方法：对分离自1950年~2015年内蒙古三大鼠疫疫源地的374株鼠疫菌代表株(分布于34个疫源县)提取核酸，采用三种分子分型方法：DFR、CRISPR以及MLVA分析其遗传特征。DFR根据电泳结果是否出现条带记录实验结果，CRISPR和MLVA将PCR产物送公司分别测序和毛细管电泳，将结果整理成Excel表格，用Bionumerics软件绘制聚类图。 结果：三种分型方法中，DFR、CRISPR和MLVA(14)方法用来描述鼠疫菌种群和进化关系，MLVA14+12用于鼠疫暴发时菌株的溯源。 DFR结果：1）374株内蒙古鼠疫菌被分为14个型，Genomovar11型158株，Genomovar10型54株、Genomovar14型52株、Genomovar17型64株、Genomovar19型14株、Genomovar20型18株、Genomovar21型1株、Genomovar28型2株、Genomovar38型4株。新发现Genomovar-nm11株、Genomovar-nm22株、Genomovar-nm31株、Genomovar-nm41株、Genomovar-nm52株。2014年菌株主要以Genomovar17基因型为主，其次是Genomovar20和Genomovar38。2015年以Genomovar17基因型为主，其次是Genomovar20。2）长爪沙鼠疫源地以Genomovar11为主，达乌尔黄鼠疫源地松辽平原区以Genomovar10为主，布氏田鼠疫源地以Genomovar14为主，以上结果与文献记录相同。达乌尔黄鼠疫源地察哈尔丘陵区以Genomovar11型为主。3）内蒙古第一次大流行以G10基因型为主，第二次和第三次以G11基因型为主，第四次以G17基因型为主。 CRISPR结果：1）374株内蒙古鼠疫菌被分为31种CRISPR型，除已发现的三种基因簇Cb2、Cb4、Ca8，Cnm1-Cnm18为新发现的内蒙古鼠疫菌CRISPR基因型。2）长爪沙鼠疫源地乌兰察布高原区以Cb2-a3为主，鄂尔多斯高原区以Cb2-a56为主，达乌尔黄鼠疫源地松辽平原区以Cb4-a3为主，达乌尔黄鼠疫源地察哈尔丘陵区以Cb2-a3为主。布氏田鼠疫源地主要基因型Cnm15与文献记录的布氏田鼠疫源地主要基因型Cc1相比在YPa位点的a6间隔序列差2个碱基。2014年菌株以Cb2’-a56为主，其次是Cb2-a3。2015年以Cb2’-a56为主，其次是Cb2-a56、Cb2-a3。3）内蒙古第一次大流行以Cb4-a3为主，第二次和第三次以Cb2-a3为主，第四次以Cb2’-a56为主。 MLVA结果：1）374株菌在MLVA14指标下可以分为156种基因型,依次命名为NM1~NM156，其中达乌尔黄鼠疫源地松辽平原区以NM70为主，察哈尔丘陵区以NM33为主，长爪沙鼠疫源地乌兰察布高原区以NM21为主，鄂尔多斯高原区以NM22为主，布氏田鼠疫源地以NM134为主。2014年菌株属于NM22、NM36、NM37型，2015年菌株属于NM22、NM37型。2）第一次大流行12株菌形成12种基因型，第二次和第三次均以NM134（主要存在于布氏田鼠疫源地)菌株数最多，第四次以NM22为主，主要存在于鄂尔多斯高原区。3）MLVA14+12即共26个指标将374株菌分为311种基因型。2014年18株菌分成7种基因型，2015年17株菌分成6种基因型。 结论：1）内蒙古鼠疫菌从种群分型的角度分析具有地理分布差异，在建国后发生的四次动物鼠疫大流行过程中，鼠疫菌的遗传特征具有交叉继起的特点。上世纪内蒙古出现的三次鼠疫大流行，后一次流行是上一次流行的延续而且伴随着基因型的增加。本世纪出现的动物鼠疫流行与前三次不同。2）2015年动物鼠疫流行源于2014年，但2015年所分离的鼠疫菌与其他357株鼠疫菌的亲缘关系提示这一时期分离的菌株为一个新形成的流行克隆群。