自达尔文撰写《物种起源》时起，利他行为进化难题便一直挑战着达尔文生物进化论的真理性。多层选择理论之前的诸多生物学家解决这一难题所采用的方式是把利他行为还原为自私行为，故而使得利他行为进化难题并未得到真正解决。多层选择理论是在复兴群体选择理论的过程中提出来的，它由索伯-威尔逊的数学模型、功能主义的理论模型和各种生物学案例组成。但是索伯-威尔逊模型所展示的利他行为进化是根据反辛普森悖论对两组数据在权重上进行操作所得到的虚假真实，其功能主义理论模型将具有实体特性的功能与群间选择力量相混淆了，其理论所涉及的诸多生物学案例有些也存在问题。多层选择理论未能成功地解决利他行为进化难题，我们将其失败的原因归结为三个方面:对“物竞天择”的生物进化论模式的真理性预设，对数学公式、符号和还原论的过分偏爱，以及机械主义思维方式的不利影响。“物竞天择”的生物进化论模式是十九世纪英国的必然产物，是观察渗透理论的体现。多层选择理论所揭示的功能因素，促使生物进化论迎来一场新的范式转变，而近期对某些化石材料的重新解读、对灵长类动物的深入研究以及神经生物学的发现，均在阐释合作共赢的生物进化论新范式的可能性。