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金线蛙是指金线侧褶蛙种组Pelophylax plancyi complex,包括金线侧褶蛙（Pelophylaxplancyi Lataste 1880）、福建侧褶蛙（Pelophylax fukienensis Pope 1929）、湖北侧褶蛙（Pelophylax hubeiensis Fei and Ye 1982）三个物种,这三种在形态特征上极其接近,统称为金线蛙,由于形态上很难区分,在传统分类存在较大分歧,三物种分布范围还无明确的划分界定,三个物种的有效性值得考证。系统地理学主要研究影响物种的基因谱系形成现有地理分布格局的历史过程,mtDNAcytb基因片段用于系统地理学的研究,可以揭示种群的遗传结构并推测影响种群现有遗传分布格局的历史过程。本研究应用线粒体DNA的cytb基因序列探讨了中国金线侧褶蛙种组（Pelophylax plancyi complex）的系统地理格局和种群结构,详细地揭示了该物种的建群历史。本文采用线粒体DNA中的cytb基因为分子标记,通过分析金线蛙的遗传结构和遗传分化,比较金线蛙种群的遗传变异,推测影响种群遗传结构的因素,并预测种群遗传结构的变化。根据遗传变异的地理分布格局,测种群形成现有分布格局的历史过程,由此提出金线蛙在第四纪冰期时可能的避难所。测定了金线蛙23个种群321号标本mtDNA cytb基因的741bp的序列,共定义了114个单倍型,其单元型多样性（Hd）为0.957,核酸多样性（P）i为0.02716。我们利用cytb基因的114个单倍型构建的MP系统树和Bayesian树,系统发生主要拓扑结构取得了完全一致的结果。MP系统树上各主分支的内部个别内分支结构与和Bayesian树的个别分支内部结构略有差异,内分歧群都出现并支情况,这可能是金线蛙各样品之间核苷酸差异太小导致的,而其它主分支节点的拓扑结构都一致。因为用不同系统发生分析方法都取得了一致的结果,结果又是通过对大量样本分析获得的,说明了系统发生关系推断结果的可靠性。不同方法构建的系统树在谱系的划分上得到了完全一致的结果,主要分支的节点自举检验值达到100,后延概率为1.00,金线蛙种组各种群的不同单倍型所构成的系统树表明金线蛙种组三个物种都没有形成独立的单系。TCS构建的巢式支序图的结构分为A、B、C、D四个独立的网状结构,分别对应系统树的四个主要分支。AMOVA分析表明,总体水平上,23个金线蛙地理单元种群内遗传变异占40.65%,种群间变异占42.35%,主要遗传变异来自种群间。基于Maximum Composite Likelihood模型计算了平均遗传距离,整个金线蛙种群的平均遗传距离d为0.028910。福建邵武种群与其他种群之间遗传距离很大,平均遗传距离在0.109148～0.117773之间,而其他各种群之间的遗传距离较小。湖北侧褶蛙、金线侧褶蛙、福建侧褶蛙都没有形成独立的单系,故认为属于同一物种,即金线侧褶蛙Pelophylax plancyi。根据Tajima’s D和Fu’s FST检验的结果,说明这些种群经历了种群扩展。整个金线蛙的种群Tajima’s D值为-0.836378,说明金线蛙的种群经历了种群扩张的过程,金线蛙的种下分化发生在近期,即冰期后发生种群扩散,种群建立之后,经历了物种的种下分化。中国第四纪冰期虽然冰川规模不大,仍然对我国的环境造成了深远的影响,而东部地区存在很多孑遗物种,是当时许多生物物种重要的避难所之一。许多动植物在第四期冰期分布区南迁,中国东部地区的庐山、黄山等都未发育典型的冰川,由于东部地区缺乏高大的山系,地势相对平坦,河流湖泊众多,东部地区发达的水系相互联系,有利于蛙类的扩散,东部地区的主要河流并未对金线蛙的基因流造成影响,地理上缺乏阻碍基因交流的障碍,都有利于金线蛙的种群的扩散,最终产生了今天的金线蛙分布格局。