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在传统酿酒过程中，大曲在很大程度上决定了酿造质量，不同的大曲含有不同的微生物群落结构及生物多样性。本研究基于16S rDNA序列分析法鉴定了古井贡酒大曲微生物群落组成。同时，通过古井贡酒大曲微生物群落物种快速定量识别技术的初步研究，为进一步研究可实用化的快速定量技术提供必要的参考。本研究主要可以分为以下四个部分：首先，通过对PCR扩增条件的摸索以及16S rDNA通用引物的筛选，初步确定PCR扩增条件、体系以及扩增目的片段长度。其次，通过TA克隆及蓝白斑筛选，将阳性克隆菌株送往测序公司测序。再次，根据16S rDNA测序结果初步鉴定古井贡酒大曲微生物种属类别，进一步通过构建系统发育树分析其微生物群落构成、生物多样性及进化程度。第四，依据上述序列研制古井贡酒大曲微生物物种快速定量识别技术。本研究所得实验结论如下：（1）首次对古井大曲微生物群落进行了分子鉴定，初步得到古井大曲微生物种属信息。主要分布于厚壁菌门（Firmicutes）以及变形菌门（Proteobacteria）中，其中主要优势菌属有六类，分别为枝芽孢杆菌属（Virgibacillus）、芽孢杆菌属（Bacillus）、乳杆菌科（Lactobacillaceae）、泛菌属（Pantoea）、葡萄球菌属（Staphylococcus）以及高温放线菌科（Thermoactinomycetaceae）。（2）与高温大曲微生物群落结构相比，中温大曲微生物种属较多。（3）通过构建系统发育树，发现一株潜在的枝芽孢杆菌新种菌株GJ-1-20。（4）通过对快速识别古井大曲微生物群落物种几种策略的初步研究，发现仅依据这些微生物的1500bp左右的极为相似的16S rDNA。暂时很难同时对20种左右的物种进行定量化区分，即使TaqMan-MGB探针技术也难以胜任。由于未来十年内微生物群落中绝大部分微生物都没有全基因组序列的情况不会改变，所以仅依靠这些16S rDNA序列研制低成本的精确到单碱基定量识别的技术非常值得期待。