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家鸡在人们的社会文化生活中起着重要的作用,如作为娱乐、食物和祭祀等。但其驯化起源和扩散路线等问题一直是考古学和进化生物学的热门议题。近几十年来,线粒体DNA(Mitochondria DNA;mtDNA)成为研究家鸡驯化地、驯化时间和演化历史的重要分子标记。测定部分地区167份家鸡的线粒体控制区(control region;D-loop)数据,分析揭示西南地区家鸡母系遗传。新收集并测定的1692份家鸡和88份红原鸡(Gallus gallus)样品的控制区序列,基于Ion Torrent PGM测序平台的二代测序方法选取部分具有代表性的61份家鸡和红原鸡样品进行线粒体基因组序列测定。结合已发表的数据并开展了一系列家鸡群体遗传学分析,揭示中国家鸡的群体历史。西南部分地区家鸡控制区的分析结果表明西南山区的家鸡遗传多样性比较丰富,存在着明显的遗传分化和母系遗传。我们对已发表的大量家鸡线粒体DNA进行分析,发现单倍型亚类群C1(sub-haplogroup)可作为追溯中国北方家鸡驯化问题的候选标记群体。为了更清楚地了解单倍型亚类群C1的起源,我们利用MitoToolPy得到了每个样品所属的单倍型类群和突变信息,发现其中一个采自泰国的红原鸡样品被划分到了单倍型类群(haplogroup)X,这一结果填补了泰国是家鸡起源地之一的“数据缺失”。基于76个线粒体基因组(55 de novo)重建单倍型类群CD世系树,以前被划分到单倍型亚类群C~*的红原鸡被重新定义为单倍型类群V,在单倍型类群CD的基底分支。我们对单倍型亚类群C1-C3和D1-D3的定义与之前的研究结果一致。我们对mtDNA支系进行了遗传多样性和溯祖时间统计分析。单倍型亚类群C1的遗传多样性指标在中国北方(特别是黄河流域)达到最高,提示黄淮流域可能是单倍型亚类群C1的早期扩散中心,时间距今约2500年前。这一时间要明显的晚于先前研究提出的中国北方家鸡的驯化时间。为进一步探讨中国北方家鸡的群体历史,我们分析其它单倍型类群的分布模式,发现单倍型类群A具有和单倍型亚类群C1类似的模式。有意思的是,单倍型亚类群C1和单倍型类群A的群体中,中国北方斗鸡群体所占比例较高。相关类群的年龄估算与中国最早的斗鸡历史记载(见于《左传·昭公二十五年》)一致。我们认为单倍型亚类群C1和单倍型类群A的共享群体发展轨迹,斗鸡的一次繁殖育种事件对中国北方家鸡的母系遗传扮演着重要的角色。