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核盘菌是世界性死体营养型植物病原菌,可侵染700多种植物,对十字花科、豆科、菊科、茄科等重要的经济作物造成巨大的经济损失。真菌中存在一些能引起寄主致病力衰退的、具有生防潜力的真菌病毒。挖掘和探究核盘菌中的真菌病毒可以为菌核病的生物防治提供潜在的病毒资源,也能促进对病毒多样性的认识。本论文从河南信阳的核盘菌中挖掘到了6种新的真菌病毒;同时,发现了一个真菌质粒pSS1,并对它们的分子特性进行了研究。具体的结果如下:自河南信阳农科院市内具17年连续种植油菜历史的试验田（约3亩）的罹病油菜茎杆上采集菌核,分离获得225个核盘菌菌株。利用高通量测序技术从这些菌株中检测到41种真菌病毒,其中,28种属于+ss RNA病毒,占68%,包括丁型线性病毒科（3种）、内源RNA病毒科（2种）、镰刀菌病毒科（1种）、丙型线性病毒科（1种）、减毒病毒科（4种）、线粒体病毒科（6种）、裸露病毒科（2种）、披膜病毒科（1种）、番茄丛矮病毒科（1种）、芜菁花叶病毒科（1种）、灰葡萄孢欧尔密病毒科（5种）和1种分类地位不明确的病毒;有6种ds RNA病毒,占15%,包括葡萄孢双节段病毒属（3种）、双分体病毒科（1种）和2种分类地位不明确的病毒;有7种-ss RNA病毒,占17%,包括真菌单股负义链RNA病毒科（4种）和布尼亚病毒目（3种）。在41种病毒中有6种病毒为新发现的病毒,包括核盘菌内源RNA病毒11（Sclerotinia sclerotiorum endornavirus 11,Ss EV11）、核盘菌减毒病毒10（Sclerotinia sclerotiorum hypovirus 10,Ss HV10）、核盘菌线粒体病毒48（Sclerotinia sclerotiorum mitovirus 48,Ss MV48）、核盘菌virga样病毒2（Sclerotinia sclerotiorum virga-like virus 2,Ss VLV2）、核盘菌双分体病毒4（Sclerotinia sclerotiorum partitivirus 4,Ss PV4）、核盘菌布尼亚病毒8（Sclerotinia sclerotiorum bunyavirus 8,Ss BYV8）等6种新病毒。上述结果表明即使是在很小一块密闭的油菜田中,核盘菌病毒种类仍然丰富多样。对核盘菌内源RNA病毒Ss EV11的分子特性进行了研究。Ss EV11的全长基因组大小为11906 nt,具有一个ORF,5’和3’的非编码区（UTR）分别为31 nt和90 nt。ORF编码一种包括MTR、CRR、DEADc、Hel和Rd Rp等结构域、大小为3928 aa的RNA复制酶。根据BLASTp比对结果,Ss EV11与小核盘菌内源RNA病毒1（Sclerotinia minor endornavirus 1,Sm EV1）的RNA复制酶一致性最高,为45%。Ss EV11具有内源RNA病毒的8个高度保守的MOTIF。基于Ss EV11和内源RNA病毒的Rd Rp序列进行系统发育分析,发现Ss EV11与内源RNA病毒中的Betaendornavirus属的成员聚在一簇,表明Ss EV11是Betaendornavirus属的一个新种。除了Ss EV11之外,菌株XY79中还存在核盘菌减毒病毒7（Sclerotinia sclerotiorum hypovirus 7,Ss HV7）、核盘菌丁型线性病毒2-WX株系（Sclerotinia sclerotiorum deltaflexivirus 2-WX,Ss DFV2-WX）和核盘菌欧尔密病毒15（Sclerotinia sclerotiorum ourmia-like virus 15,Ss OLV15）等3种病毒。首次在核盘菌中发现真菌质粒的存在。在高通量测序数据库中发现一条特殊的contig89,它的序列代表了一种真菌质粒,命名为核盘菌质粒1（plasmid Sclerotinia sclerotiorum 1,pSS1）。PCR扩增分析发现XY36、XY83、XY150和XY207等菌株中都携带pSS1。以XY83为材料,对pSS1的基因组进行了全长序列克隆,发现pSS1是全长为4479 bp的环状双链DNA分子,含有一个ORF,编码1141 aa的蛋白。通过保守结构域的多重比对,发现ORF编码的多聚蛋白在核酸外切酶和DNA聚合酶B家族蛋白的基序上高度保守。经过系统发育分析,pSS1与其它真菌中的质粒聚在一簇。pSS1是核盘菌中发现的第一个质粒。利用滚环复制的原理,在体外克隆了pSS1环状DNA分子。pSS1在核盘菌中非常稳定,通过原生质体再生的方式不能消除。pSS1在河南信阳的菌株中广泛存在,在2018年分离的219株菌株中,108株都检测到了质粒的存在,携带率为49.3%。随后也在河南信阳2019年和2021年分离的核盘菌菌株中检测到质粒pSS1的存在,pSS1可以通过子囊孢子进行垂直传播,不能经过水平传播至菌株1980。综上所述,本研究分析了来自河南信阳农科院市内试验田中核盘菌病毒的多样性,发现了新的真菌病毒,并首次在核盘菌中发现了质粒,研究结果丰富了对真菌病毒和真菌质粒的认识。