金融与经济的关系已被众多学者所证实,经济的发展会引起金融的产生和发展,同时,金融的发展对经济具有显著地促进作用，现代经济的发展已经离不开金融的支持。自改革开放以来，新疆农村经济飞速发展，农民生活水平不断提高，1978年新疆一产GDP为13.97亿元，农民人均纯收入为119元，到2010年末，一产GDP为1078.63亿元，农民人均纯收入达到4643元，两指标分别增长了77倍和38倍，年均增长率分别达到了14.5%和12.1%。但是随着农村经济的快速发展，农村区域之间的经济金融差距也在不断扩大，2004年，新疆北疆和东疆地区一产GDP与南疆一产GDP比值为2.26，到2009年该比值就达到了2.51，由此可知，新疆农村区域的经济金融差距在拉大，这种差距的扩大将严重影响新农村建设的进展，对于整个新疆经济的发展也是不利的，鉴于此，新疆农村金融区域差异就具有深远的研究价值。本文在农村金融及区域经济金融差异理论的基础上，首先采用变异系数、泰尔系数对新疆农村金融差异进行动态分析,结论是：新疆农村经济的总差异在扩大，区域间和区域内差异也是呈现扩大趋势；新疆农村人均贷款的总差异在缩小，区域间差异也在缩小，但是区域内的差异却是在扩大。通过因子分析方法对农村金融差异进行静态分析，将新疆14地州市划分为三大地区：发达地区，较发达地区和欠发达地区。本文认为新疆农村金融区域差异的影响因素主要是：经济发展水平、金融区位、资源禀赋、政府政策、市场化程度及金融排斥和金融体系等。最后，依据聚类结果及原因，通过金融发展模式比较,选择了三种金融发展模式。