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本研究以鸭肠炎病毒(Duck Enteritis Virus, DEV)蚀斑纯化株DEV Clone-03的基因组未知序列为主要对象,分别以GenBank中登录的DEV UL30和UL45部分基因为起点设计引物,应用“targeted gene walking”PCR的方法,分别扩增得到DEV Clone-03长5086bp(包括UL31～UL35)和10 460bp(UL45～UL50)的基因组核苷酸片段,对每个片段经过三次测序,确定最终序列。序列分析发现,这两个片段包括12个完整的开放阅读框(Open Reading Frame, ORF),与人疱疹病毒-1型(Herpes Simplex Virus-1, HSV-1)的UL31、UL32、UL33、UL34、UL35及UL45、UL46、UL47、UL48、UL49、UL49.5、UL50基因相似,ORF的排列与HSV-1相一致,据此对这12个基因进行了相应的命名。将这些序列提交到GenBank,登录号分别为EF203708和EF492886。用DNAStar (Megalign)软件对这12个基因与选取的11株α疱疹病毒参考毒株进行核苷酸和氨基酸的同源性比较,结果表明鸭瘟病毒这些基因与选取的参考毒株相应基因有较高的一致性,但DEV Clone-03不同基因与其同源基因的核苷酸和氨基酸的一致性上存在差异。因此可以根据同源蛋白的功能推测这12个基因编码的蛋白在病毒DEV DNA中的作用。绘制氨基酸系统发生进化树关系表明DEV Clone-03这12个蛋白在进化过程中与α疱疹病毒亚科不同属成员关系并不一致。总体表明它们大多数(8/12)与α疱疹病毒亚科中马立克病毒属的进化关系较近。因此我们建议将DEV归类为α疱疹病毒亚科的马立克病毒属。DEV基因序列的测定对病毒的检测、分类和功能研究等具有重要意义。