利用随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了三种鳗鱼（日本鳗和美洲鳗均取自南通三信鳗业有限公司，欧洲鳗取自江苏泰兴电厂养鳗厂）的种群遗传结构，并对其种质进行了鉴定，探讨了RAPD技术在鱼类遗传育种中的应用。 在32个随机引物中，筛选了20个引物对三种鳗鱼的DNA进行扩增，均得到1-13个大小不等的DNA片段，长度大部分在500-2300bp之间。在32个引物中共找到了14个引物共含37个特异性标记，其中S2、S4、S7、S22、S25、S27、S28、S29、S30、S43十个引物可区分三种鳗鱼；S3、S6、S24、S112四个引物可区分两种鳗鱼。日本鳗种内相似系数为0.885；欧洲鳗种内相似系数为0.717；美洲鳗的种内相似系数为0.686。种间相似系数为：日本鳗和欧洲鳗0.557；日本鳗和美洲鳗0.582；欧洲鳗和美洲鳗0.880。遗传距离计算表明：日本鳗和欧洲鳗为0.747；日本鳗和美洲鳗为0.668；欧洲鳗和美洲鳗为0.211。显示了RAPD分子标记技术可以作为一种有效的标记用于鱼类品质的鉴定及确定鱼类品种之间的亲缘关系。